80%仕入税額控除は26年9月まで！仕入れ事業者が多い卸売業と小売業がインボイス対応を見直すべき理由

更新日：2025.12.09

ー目次ー

2023年10月から始まったインボイス制度。経過措置として認められている「80%仕入税額控除」も、2026年9月30日で終了し、10月からは50%へ縮小されます。控除率の変更を前に実際に何をどう見直せばよいのか、漠然としている方も少なくありません。また、以下の業界はインボイス制度対応を早めに見直しすることをおすすめします。

卸売業
小売業

本コラムでは、インボイス制度の概要と実務で押さえるべきポイントを整理したうえで、卸売業・小売業がインボイス対応の見直しを取り組むべき理由について解説します。

インボイス制度の仕組みと経過措置

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は、消費税の仕入税額控除を受けるために「適格請求書（インボイス）」の保存が必要となる制度です。インボイスには、発行事業者の登録番号や取引内容、税率ごとの消費税額など、法令で定められた項目の記載が求められます。

適格請求書発行事業者の氏名または名称
登録番号
取引年月日
取引内容
適用税率
消費税額
交付を受ける事業者の氏名または名称

仕入先がインボイス発行事業者でない場合、原則として仕入税額控除ができなくなります。そのため、取引先がインボイス発行事業者かどうかの確認や、請求書の記載内容のチェックが重要となります。

80%→50%控除の変更点とスケジュール

現在は、インボイス未登録の免税事業者からの仕入れについて、仕入税額の80%を控除できますが、2026年10月からは50%に縮小されます。この変更により、免税事業者との取引が多い企業では、税負担が増加する可能性があります。

■猶予期間と控除割合

猶予期間	控除割合
2023年10月1日～2026年9月30日	仕入税額の80%
2026年10月1日～2029年9月30日	仕入税額の50%

（参考：国税庁免税事業者等からの仕入れに係る経過措置）

税額控除50%が始まる前に準備すべき事項

取引先へインボイス登録を丁寧に依頼・交渉する

免税事業者や小規模事業者の中には、インボイス制度への理解が浅いケースもあります。制度の概要や控除制限の影響をわかりやすく説明し、登録のメリット（取引継続、信用向上）を伝えることで、関係性を損なわずに登録を促すことが重要です。

インボイス登録済みの新規取引先を開拓する

既存の仕入先が登録を見送る場合に備え、登録済みの事業者との取引ルートを確保しておくことも重要です。

費用負担増を見越した価格交渉やコスト構造の見直しを行う

仕入税額控除が50%に制限されることで、実質的な仕入コストが上昇します。この影響を吸収するためには、粗利率を見直してコストダウンも検討しておきましょう。

卸売業と小売業インボイス制度対応を重視すべき理由

卸売業と小売業で共通することは、多拠点展開で仕入れや販売先の取引事業者数が多いことと、拠点数に比例して証憑が増えることによるインボイス制度対応が手間になることが挙がってきます。業界ごとに詳しく見ていきます。

卸売業

仕入先や販売先が多岐に渡る

卸売業は、日常的に多数の仕入先や販売先と取引を行うため、請求書の発行・受領件数が非常に多くなります。特に、取引先ごとに取引条件や納品形態が異なる場合、請求書の管理が煩雑化しやすいです。また、取引先の中には、インボイス登録済み事業者と未登録の免税事業者が混在しているため、仕入税額控除の適用可否や控除割合の判定が都度必要となります。

請求書のフォーマットや記載内容が多様

仕入先ごとに請求書のフォーマットや記載内容が異なり、「適格請求書」の要件を満たしているかの確認作業が煩雑になりやすいです。特に、紙と電子の請求書が混在している場合や、手書き・システム発行など発行方法が多様な場合、確認・保存・管理の対応パターンが増えます。また、適格請求書の要件を満たしていない場合は仕入税額控除が受けられないリスクがあるため、経理部門は細心の注意を払う必要があります。

注意すべきポイント

仕入先ごとに請求書のフォーマットや記載内容が異なるため、「適格請求書」の要件を満たしているかの確認作業が煩雑になりがちです。システムや運用ルールを見直し、適格請求書のチェック体制を強化することが求められます。

小売業

仕入先や取扱商品数が多い

数の仕入先から多種多様な商品を仕入れるため、受領する請求書の件数・種類が膨大です。特に、季節商品やスポット仕入れなど、単発取引が多い場合は、毎月新規の仕入先が発生することも珍しくありません。仕入先ごとにインボイス登録状況が異なるため、商品ごと・仕入先ごとに控除可否や控除割合を判定する必要があります。

現場ごとに経理処理が分散しやすい

多店舗展開の場合、各店舗で請求書処理が行われることも多く、現場ごとにインボイス制度の理解度や対応レベルに差が出やすいです。店舗ごとに経理担当者の経験や知識にばらつきがあると、適格請求書の確認漏れや誤処理が発生しやすくなります。本部と店舗間で情報共有や教育を十分行い、制度対応の統一が重要になってきます。